以前にこんな記事を書きました。
その後 SharePoint Online Management Shell については PowerShell Gallery からもインストールできるようになったようです。半年近く前の話なのに全然気付きませんした…。
インストーラー版の SharePoint Online Management Shell は GAC を汚染するので、特別な事情がなければ、なるべく PowerShell Gallery (Install-Module) で取得したほうがいいですね。